El 16 de octubre de 1744 se confiere el grado de Doctor en Ciencias a Don Diego Beltrán. En 1866 se promulga el Decreto Supremo que crea tres Facultades: Derecho, Ciencias y Letras. El Congreso de 1868 establece cuatro facultades: Jurisprudencia, Letras, Ciencias y Medicina.

En 1910, por Ley 1164 se establecen las Facultades de Letras, Jurisprudencia, Ciencias Administrativas y una sección de Ciencias Naturales. En 1911 recupera su categoría de Facultad la Sección de Ciencias Naturales. En 1930, en la UNSAAC sólo funcionan dos Facultades: Ciencias y Letras.

La reforma de 1946 restablece las cuatro Facultades ya creadas adicionando la de Pedagogía. La Facultad de Ciencias quedó dividida en cuatro secciones: Matemáticas, Físico - Química, Biológicas, Pre-Farmacia y Pre - Odontología. La Reforma Universitaria de 1957 determinó que la Facultad de Ciencias quedara con dos secciones: Biológicas y Pre-Matemáticas.

En 1969, la Ley 17437 determina el cambio a Programa Académico de Ciencias Biológicas y Enfermería. En 1974, se determina el funcionamiento de la Dirección Académica de Ciencias Biológicas, con el Programa Académico de Biología y Enfermería. En 1978 queda como Programa Académico de Ciencias Biológicas; en 1984, por mandato del Estatuto (Ley 23733) funciona como Facultad de Ciencias Biológicas y Geografía y en Asamblea Universitaria de 30 de octubre de 1992, se determina como Facultad de Ciencias Biológicas.

En 2014, por Ley N° 30220 y en Asamblea Estatutaria pasa a formar parte de la Macro Facultad de Ciencias y en enero del 2022 por Resolución Nº AU-001-2022-UNSAAC, la Asamblea Universitaria de la Universidad Nacional de San Antonio Abad del Cusco, acuerda la constitución de 18 Facultades estructuradas con sus respectivos Departamentos Académicos y Escuelas Profesionales, entre ellas la Facultad de Ciencias Biológicas con la Escuela Profesional de Biología.